Samurai deeper Kyô

4 ans après la bataille de Sekigahara, de nombreux samourais sans seigneurs vagabondent à la recherche d'eux meme. Kyoshiro, pharmacien ambulant et douteux, est l'un d'eux. Il rencontre Yuya Shiina, chasseuse de primes a la recherche de kyo aux yeux de demons, un assasin sanguinaire et invincible. Elle fait route avec kyoshiro mais découvre rapidement avoir déja trouvé celui qu'elle cherche...